目前我國的生物技術藥物研究已開始步入自主創新時期，尤其是利用現代生物技術生產多肽類藥物將成為我國今后多肽類藥物生產和改進的主要途徑，具體有以下幾個方面。
    1、利用組合化學與藥物高通量篩選相結合的技術開發多肽類藥物組合化學技術使一次合成成千上萬的多肽成為可能，藥物高通量篩選又可從成千上萬的化合物中快速篩選出具有特殊生物活性的化合物。將組合化學技術與藥物高通量篩選技術相結合，仍將是多肽類藥物開發的重要途徑。
    2、新型活性肽突變體的研究為了改變天然活性肽的某些性質，通過基因定位突變的手段對其結構進行改造，已經獲得的突變體有人降鈣素突變體、重組水蛭素突變體等。通過定位突變可以達到增強藥物的穩定性與生物活性，降低不良反應等目的。
    3、融合蛋白的研究目前研究制備的融合多肽有：水蛭素12肽/尿激酶融合蛋白，具有溶栓和抗栓的雙重功能；穿膜肽HIV-Tat49-57/CTL 表位融合多肽疫苗，穿膜肽HIV-Tat49-57可將人黑色素瘤分化抗原MART-1 的HLA-A2 限制性CTL 表位多肽攜帶進入活細胞；作用于HIV包膜蛋白亞基gp41的多肽類融合抑制劑，具有抑制HIV 與靶細胞融合的活性等。
    4、克隆天然活性肽基因、重組表達新的多肽類藥物已表達獲得人胰島素、南瓜胰蛋白酶抑制劑I、人紐表位肽12、人心鈉肽等。克隆天然活性肽基因、重組表達新的多肽類藥物仍將是多肽類藥物產業化的主要方向之一。
    5、表面展示技術在多肽類藥物研究中的應用表面展示技術是一種新的基因操作技術，它使表達的外源肽以融合蛋白的形式展現在噬菌體或細胞表面，其總體稱為表面展示庫。在展示庫中每一個噬菌體粒子或細胞只展示一種序列的外源肽，表面展示術將被展示的多肽與其基因在一起，構成龐大的構象庫，從中可以選擇出具有特定功能的多肽。這些多肽可能根本不存在于自然界，或是野生型多肽經改進性能后的突變體。針對藥物作用靶目標的特點在這一構象庫中進行有效篩選，從而選出優良的多肽進行研究和開發。
    6、利用酶工程生產多肽類藥物酶工程是利用酶的催化作用進行的物質轉換技術，是將酶學理論與化工技術結合而成的新技術。采用酶工程生產的多肽類藥物需通過固定化動物細胞來降低生產成本，這對于通過酶解蛋白質以生產活性肽的產業降低生產成本非常重要。
    7、利用植物細胞工程開發研制多肽類藥物近年來從植物中獲得天然活性多肽成為多肽類藥物的一個新的重要來源，隨著植物基因工程的發展，以植物細胞培養技術為基礎生產天然的多肽類藥物特別是稀有植物產生的活性肽大有可為。
    8、利用轉基因動植物生產多肽類藥物利用轉基因動植物生產多肽類藥物已經引起國內外學者的高度重視，目前已經利用轉基因煙草生產了紅細胞生成素，并利用轉基因蘿卜生產了干擾素。利用轉基因動植物生產多肽類藥物生產多肽類藥物產量高，成本低，利用無土培養植物的根分泌表達活性多肽值得重視。

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